Marcus werd geboren in Noord Afrika,in een welgestelde Joodse familie van landbouwers. Door aanhoudende invallen van Berbers besloot de familie naar Israël te emigreren en zich in Jeruzalem te vestigen, juist in de tijd dat Jezus weldoende en predikend rondtrok. Korte tijd na aankomst overleed de vader van Marcus. Zijn moeder zorgde dat haar zoon goed onderwijs kreeg, en hij leerde Hebreeuws, Grieks en Latijn, wat hem later bij zijn missiereizen goed van pas kwam. Marcus werd geraakt door de woorden van Jezus en hij liet zich dopen door Petrus. Marcus’ moeder ontving Jezus en zijn leerlingen in haar huis en zo werd Marcus’ huis de eerste christelijke kerk.
Marcus behoorde tot de 70 leerlingen die door Jezus werden uitgezonden. Na Jezus’ verrijzenis en de uitstorting van de H. Geest, vergezelde Marcus Petrus en Barnabas op hun reizen, daarna ging hij met Paulus mee en vervolgens keerde hij terug naar zijn geboortestreek in Noord Afrika om daar het evangelie te verkondigen. Volgens overlevering werd hij door de H. Geest geleid om naar Alexandrië te gaan. Daar aangekomen, vroeg hij een schoenmaker, genaamd Anianus, om zijn kapotte sandaal te repareren. Toen de schoenmaker zich per ongeluk in zijn vinger prikte met de priem, riep hij van pijn uit in het Grieks: ‘Heis ho Theos’ (God is Eén). Hierop sprong het hart van Marcus van vreugde op omdat deze uitroep betekende dat hij in een Ene God geloofde en hij dus openstond voor het evangelie. Marcus genas de wond en verkondigde hem de blijde boodschap. De schoenmaker nodigde hem uit en hij en zijn familie werden gedoopt.
Vele anderen werden gedoopt en zo werd in de jaren 40 het fundament gelegd voor de latere Koptische kerk. Marcus was in de jaren 60 van de eerste eeuw tezamen met Petrus en Paulus in Rome. Volgens de legende maakte hij aantekeningen van Petrus’ prediking; daaruit zou later zijn evangelie groeien: het evangelie van Marcus, het oudste van de vier evangelies.
Marcus kwam nog een keer naar Alexandrië, nadat hij Rome had bezocht en mogelijk na het martelaarschap van Petrus en Paulus. Bij dit tweede bezoek vond hij tot zijn vreugde dat het aantal christenen was toegenomen en dat de eerste kerk was gebouwd.
De heidenen echter vreesden dat de christenen onder leiding van Marcus hun afgodsbeelden kapot wilden slaan. Tijdens de Paasviering, in het jaar 68, waarin het feest samenviel met het feest voor de afgod Serapis, grepen de heidenen Marcus, sleepten hem door de straten, en wierpen hem in de gevangenis. In zijn cel verscheen hem een engel van de Heer die hem troostte en sterkte. De volgende dag werd hij gemarteld totdat hij stierf. De heidenen onthoofdden het dode lichaam en wilden het in brand steken, maar een hevige storm verhinderde dat en ze lieten het onthoofde lichaam liggen. De christenen namen het lichaam mee en begroeven het onder het altaar in de kerk, die sindsdien St. Marcuskathedraal wordt genoemd.
De kostbare relieken van het hoofd en het lichaam werden daar eeuwenlang bewaard en vereerd, maar hebben afzonderlijk enkele avonturen beleefd. Het hoofd van de heilige Marcus werd in 644 gestolen door een Griekse vloot, maar het schip waarop het hoofd verborgen was, kon niet afvaren, totdat het hoofd weer werd teruggegeven.
Vanaf de 8e eeuw kwam Egypte onder islamitische overheersing en waren er afwisselend periodes van hevige vervolging en betrekkelijke rust voor de christenen. Bij gevaar van diefstal of vernietiging, werd het hoofd van de martelaar verborgen in een klooster of bij christelijke families.
In 828, toen Egypte al voor een groot deel islamitisch was, namen Venetiaanse kooplui de relieken van het lichaam mee naar hun vaderstad, waar zij een rijke kathedraal voor hun nieuwe patroonheilige bouwden, de San Marco, die er nu nog staat, en stichtten zij de Republiek van
St. Marcus.
In 1968 besloot de Paus van Rome om het lichaam van de heilige Marcus terug te geven aan de Koptische kerk. Sindsdien rust het lichaam van de heilige Marcus in het Patriarchaat te Caïro, terwijl het hoofd van de martelaar nog altijd in Alexandrië wordt bewaard.
Zijn liturgische feestdag wordt gevierd op 25 april. St. Marcus wordt afgebeeld met een gevleugelde leeuw.
Legende van de terugvondst van de relieken in Venetië
In Venetië werd het lichaam onder één van de marmeren zuilen van de kerk geplaatst. Er waren maar weinig mensen die precies wisten waar het lichaam zich bevond. Toen die mensen allemaal gestorven waren, wist niemand meer waar de heilige schat precies te vinden was. Er werd een algemene vasten afgekondigd en een plechtige processie gehouden door de straten van de stad. Bij het zien van al die mensen in opwinding, begonnen de stenen van één der zuilen los te raken en naar beneden te vallen. Daar kwam de ruimte te voorschijn waar het lichaam verborgen was. Men dankte God voor zo’n wonder. Sindsdien wordt deze gebeurtenis elk jaar in Venetië gevierd op 25 juni.